صاحب جواهر شیخ محمد حسن رضوان الله علیه مرجع تقلید عصر خود به صراحت اعلام کرده بود که بعد از وی از شیخ مرتضی انصاری رضوان الله علیه تقلید کنند. پس از وفات صاحب جواهر(1266هـ) حوزه نجف با علمای بزرگ در آن حضور داشتند، همه مرجعیت ایشان را می پذیرند، ولی خود شیخ امتناع می کند، و می گوید: سعید العلماء (ملا محمد سعید بارفروشی مازندرانی متوفای 1270هـ) در بابل مازندران از من اعلم است. می گویند اینجا حوزه نجف است و مرکز علماست. باید مرجعیت در اینجا باشد، ولی باز هم حضرت شیخ قبول نمی کند ،و می فرماید: در مازندران کسی هست که از من اعلم است، و با بودن او من رساله نمی نویسم. ناچار شدند، و به سعید العلماء نامه نوشتند. مدتی طول کشید تا آن نامه از نجف به مازندران رسید. سعیدالعلماء در جواب نامه نوشت: بلی من در درس استادمان شریف العلماء بر شیخ مقدم بودم؛ ولی الآن با سابق فرق می کند. شیخ در حوزه علمیه است، و سروکارش با مجتهدین و بزرگان علماست و دائماً درس و بحث دارد، و سؤال و اشکال پاسخ می دهد؛بنابراین روز به روز ترقی کرده ؛اما من روز به روز تنزل کرده ام. بنابراین الآن باید شیخ اعلم باشد، و می بایست از او تقلید کرد.

شیخ پس از رسیدن این نامه به حرم مطهر حضرت امیرالمؤمنین علیه الصلوه و السلام مشرف شده و از آن حضرت درخواست می کند که وی را در این امر بزرگ و خطیر کمک نموده و از لغزش و خطا حفظ نماید. مؤلف کتاب «علماء معاصرین» نقل می کند: بعد از وفات مرحوم آیت الله شیخ محمد حسن نجفی یعنی صاحب جواهر-قدس سره- چهارصد تن مجتهد مسلم اعلمیت شیخ مرتضی انصاری را پذیرفته و تصدیق کرده بودند.(زندگانی و شخصیت شیخ انصاری/97)